Таким образом Гейтс стал одним из первых программистов, заявивших о нарушении своих авторских прав. Для борьбы с пиратством в 2005 году Microsoft запустила обязательную проверку подлинности программного обеспечения Windows Genuine Advantage для получения обновления программного обеспечения .
Критики называли эту систему программой-шпионом (spyware) . Для защиты от пиратства Microsoft модернизировал системы защиты от пиратства для новых операционных систем, однако их достаточно быстро взламывали хакеры .
В 2009 г. корпорация из-за пиратства понесла убыток в размере 4 миллиардов долларов, причем четверть этой суммы приходилось на Россию .
Вместе с тем в 2010 г. Баллмер называл основным нарушителем авторских прав корпорации Китай: по его словам, эта страна прилагала меньше усилий для борьбы с компьютерным пиратством, чем Индия и Индонезия .
В России же, по данным корпорации, с 2007 года отмечалась положительная динамика в борьбе с пиратством: главным образом, благодаря продажам ноутбуков с предустановленной операционной системой.
В России Microsoft не раз оказывалась в центре разбирательств по антипиратским уголовным делам. Так в 2006 году против директора сельской школы Александра Поносова возбудили уголовное дело за установку на школьные компьютеры пиратской Windows.
Тогда в Microsoft заявили о своей непричастности к этому делу, утверждая, что не давали санкций на преследование учителя. В 2008 году Поносов был полностью оправдан.
В 2010 году в New York Times была опубликована статья "Россия использует Microsoft для подавления инакомыслия", в которой сообщалось, что в организации "Байкальская экологическая волна",
устроившей митинг против планов премьер-министра России В. Путина снова открыть Байкальский целлюлозно-бумажный комбинат, прошли обыски под предлогом проверки легальности используемого программного обеспечения Microsoft
Корпорация сразу опровергла свою причастность к обыскам и, чтобы не допустить подобных случаев в будущем, в декабре 2010 года ввела для России и 11 других стран специальную одностороннюю годовую лицензию для легализации пиратского программного обеспечения в некоммерческих организациях и небольших независимых СМИ.
В течение 2011 года НКО и малые СМИ имели возможность получить лицензионные продукты Microsoft бесплатно по специальной программе